二级学院有：清华大学建筑学院、清华大学土木水利学院 清华大学环境学院、清华大学机械工程学院、清华大学航天航空学院、清华大学信息科学技术学院、清华大学理学院、清华大学经济管理学院、清华大学公共管理学院、清华大学马克思主义学院、清华大学人文学院、清华大学社会科学学院、清华大学医学院、清华大学法学院、清华大学新闻与传播学院、清华大学五道口金融学院、清华大学美术学院、清华大学生命科学学院、清华大学材料学院。
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