无菌实验室的装修、消毒都非常严格，每次使用前后，应用对工作区域进行全面清洁和消杀，特别注意卫生死角，0.1%溶液或2%甲醛液就是不错的选择，再结合无菌空气过滤器和紫外线杀菌灯。
操作者进入缓冲室换鞋前应先用肥皂水洗手，用75%酒精棉球擦手，戴上工作服和口罩。将所需物品剥下牛皮纸和外包装，从传送窗移入操作间，然后用0.1%溶液浸泡手，然后进入操作间，在酒精(或气灯)火焰区域(火焰高度3-5cm)操作。
操作员不能直接用嘴吸吹吸管，以防止操作人员或口腔内的杂菌污染菌物传染给给品。
在给试品表面消毒的时候，如果是安瓿，可以先用2%碘酒棉球擦拭，再用75%酒精棉球擦拭、待干，也可以用消毒液浸泡消毒。
当需要回抽时，注射器应将火焰吸入无菌空气。
进行无菌操作时，请勿大幅度或快速移动，拖行，以免搅动空气中的灰尘。
所用设备，如培养基、稀释剂，经121℃湿热灭菌30分钟后，应清洗干燥，包扎160℃干热灭菌2小时后使用。
无菌实验室一般设在微生物实验室内，配备室内室外换气设备必须配备空气过滤装置。当得到了无菌环境和无菌材料后，某些已知微生物的研究必须要保持无菌状态。因此，控制能力和控制细菌稳定性是无菌室验收的核心指标。
行业普遍采用的验收标准是，100级无尘区平均数不能超过1个菌落，10000级洁净室平均不能超过3个菌落，超出通行标准，应进行定期保养和维修。无菌实验室建设时要有合理的选材指标、适当的净化等级，并进行长期的管理和维护，才能发挥出应有的作用。