崇善寺沿中轴线由南往北，兼有大悲殿、五观堂、迦兰殿、护法殿、法堂、禅堂等六座正殿。大悲殿是现崇善寺的主体建筑，矗立在宽厚的台阶上。殿前有平旷的凸字形月台，殿内正面须弥座上三尊泥塑贴金菩萨并立，通高8.3米，为观音、文殊、普贤，称为三大士，正中为千手千眼观音菩萨，面向丰圆，颜貌舒泰，观音菩萨的左侧是千手千钵文殊菩萨，他身后的象轮是由一圈圈手臂组成，而每只手都托着一个金钵，每个金钵中都端坐着一尊释迦佛。观音菩萨的右侧是普贤菩萨，标准法像是手执如意、坐莲花座三尊造像是我国明代雕塑艺术的杰作。除此以外，殿内还有从原南十方院移来的韦陀立像。根据寺内的菩萨我们可以知道，在崇善寺可以求姻缘、求子（千手观音），求学业、智慧（文殊菩萨），求事业（普贤菩萨）比较灵验。
殿内条几上陈列着两部珍贵的壁画摹本《释迦世尊应化示述图》、《善财童子五十三参图》，是明代成化19年，以大雄宝殿两翼画廊上的壁画临摹下来的，虽历600余年依然绚丽如初，是研究我国古代工笔画和宗教壁画的宝贵资料。寺内现存自北宋以来的各种刻印、手抄的经书总计3万余卷，有宋代的“碛砂藏”，明代的普宁臧”，明洪武五年的"南藏”、永乐八年的北藏”，明代用真金措书的"华严经”，清代和尚利山手书的“华严经”，日本影印的“大藏经”，还有一部泰山拓啤"金刚经和部分道藏。这些珍贵的佛、道藏版本，不仅是我国印刷史上早期的标本，而且是难得的古代书法、雕刻艺术佳作，也是研究我国古代哲学、文学、书法艺术、印刷技术和宗教历史的宝贵资料，历来为海内外的高僧学者和游客所青睐。崇善寺无论是宏丽轩昂、舒展健美的木构建筑，还是造型奇特、比例匀称的密宗造像，无论是构图丰满、色彩绚丽的壁画摹本，还是从纵迄精的各种佛藏版本以及各种雕刻等，都是研究我国古代建筑雕刻、绘画艺术和宗教历史的弥足珍贵的实物资料，具有重要的历史价值和艺术价值。
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