1、概念不同：
（1）巴氏杀菌，亦称低温消毒法、冷杀菌法，是一种利用较低的温度既可杀死病菌又能保持物品中营养物质风味不变的消毒法，具体是使用相对较低的温度（一般为60-82℃）在规定的时间内对食品进行加热处理，以达到杀菌的目的，是一种既能达到消毒目的又不损害食品品质的方法。
（2）高温杀菌，一般采用135℃以上灭菌数秒，属于传统的杀菌模式，以高压、高温的方式杀菌，要求包装材料要有较高的隔断性和一定的耐蒸煮强度，从营养成分上来说，高温杀菌由于温度较高，营养物质会破坏的比巴氏杀菌多，破坏的主要是维生素等微量营养物质，其他蛋白质、脂肪等无太大差异。
2、保存条件和保质期不同：巴氏杀菌乳在2-8℃下存放3-10天；高温杀菌乳常温下可保存3-6个月，袋装超高温灭菌乳也可存放1.5个月。
3、缺点不同：以对牛奶杀菌为例，巴氏杀菌没有将物体加热到沸点，因此会残留部分细菌，使保存时间短，加热后，需要迅速地冷却至4℃左右，所以增加了冷却的成本；高温杀菌将物体加热到沸点，会让部分营养物质挥发，优点是保持时间长，在室温下放半年也不会变质，成本比巴氏杀菌法低，适合需要长期保存的东西。
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